Jenny Kidd Trout után a második kanadai orvosnő. Ontario államban született, kvéker családban, ahol a szülők hat lányuk taníttatására nagy gondot fordítottak. Az USA-ban, Providence-ben szerzett tanári képesítést koedukált intézményben, ezután hét évig szülővárosa iskolájában dolgozott. A női jogok iránt 1852-ben kezdett érdeklődni, amikor a Victoria College visszautasította jelentkezését a neme miatt. Végül egy torontói intézményben szerzett diplomát, és hamarosan iskolaigazgató lett. Férjhez ment és három gyereket szült. Férje tuberkulózisa keltette fel az érdeklődését az orvostudomány iránt - a természetes gyógymódok már tizenéves kora óta foglalkoztatták. Az orvosi egyetemre azonban nem vettek fel nőket, majd amikor Trouttal együtt speciális engedéllyel mégis bejutottak, a tanárok és a férfi hallgatók zaklatták őket. Így a  New York Medical College for Women hallgatója lett, és hazájában 1880-ban avatták orvossá. 

Miközben az USA-ban tanult, megismerkedett Susan B. Anthony-vel. Hazatérve nőszervezetet alapított, mely 1883-tól a Canadian Women's Suffrage Association nevet viselte. Céljuk a nők szavazati jogának megszerzése mellett a munkakörülmények javítása és a nők felsőoktatáshoz való jogának kivívása volt. Hamarosan megalapították az Ontario Medical College for Women-t.

Lánya, Augusta Stowe-Gullen szintén orvos lett, és anyjával együtt küzdött a nők szavatzati jogáért. Emily Stowe 1903-ban, a kanadai nők választójogának törvénybe iktatása előtt tizennégy évvel halt meg.