Bostonban született, családja fontosnak tartotta a tanulást, lányaikat is középiskolába járatták. Fannie 16 éves korában lebénult, évekig nem tudott lábraállni, tanulmányait otthon folytatta. Harmincéves korára, ha sántítva is, de tudott járni, bár a korabeli társadalmi felfogás szerint „házasságra alkalmatlan” volt. Beiratkozott a híres bostoni főzőiskolába, ahol elsajátította a modern főzőtechnikákat. A legjobb tanulónak bizonyult, végzés után az iskola tanára lett, majd 1891-ben ő lett az igazgató. Összegyűjtött receptjeit kötetben akarta megjelentetni, de a könyvkiadó nem látott benne fantáziát, ezért 1896-ban saját kiadásában jelent meg a The Boston Cooking-School Cook Book, 3000 példányban. A könyvet napok alatt elkapkodták, újabb és újabb kiadások követték. Az alapos, átfogó munka később már csak a Fannie Farmer cookbook címet viselte, Amerika egyik legnépszerűbb szakácskönyve, a mai napig forgalomban van.