Londonban született, ahol amerikai apja a Wiley & Putnam kiadó angliai kirendeltségének vezetőjeként tartózkodott. A család 1848-ban visszatelepült New York City-be. Mary 18 évesen két novellát jelentetett meg, és többek közt Elizabeth Blackwelltől (az első nő, aki az USA-ban orvosi diplomát kapott) orvostudományt tanult. Apja a kezdeti viszolygás után végül elfogadta és támogatta lánya törekvését.

Mary először gyógyszerész diplomát szerzett, majd többek közt Ann Preston tanítványaként a Woman's Medical College of Pennsylvania-ra járt. Rövid ideig a New England Hospital for Women and Children-ben dolgozott, majd Franciaországba utazott, hogy tovább képezze magát - Benjamin Ball pszichiáter támogatásával a párizsi École de Médecine első nő hallgatója lett. 1871-ben ő volt a második nő, aki ott diplomázott, a versenyvizsgán második helyezést ért el.

Ezután hazatért az USA-ba, és kiterjedt kampányt folytatott annak érdekében, hogy a vezető orvosi egyetemek (mint pl. a Johns Hopkins) nőket is vegyenek fel. 1872-ben megalapította a Women's Medical Association of New York City szervezetet, melynek elnöki posztját 1874-től egészen 1903-ig betöltötte. 1873-ban hozzáment Abraham Jacobi gyermekorvoshoz. Három gyermekük született, de csak egyikük érte meg a felnőttkort. 

Az 1870-es évektől már nem írt szépirodalmat, ellenben több mint 100 szakmai publikációt jelentetett meg. 1876-ban díjnyertes esszével cáfolta azt a korabeli vélekedést, miszerint ha a nők nem pihennek a menstruáció alatt, károsítják a reprodukciós szerveiket. 1891-ben a Women's Work in America c. kötetbe az amerikai orvosnők történetét írta meg. 1894-ben Common Sense Applied to Women's Suffrage címmel jelentetett meg könyvet a nők szavazati jogáról, amely aztán több kiadást megért, és jelentősen hozzájárult a mozgalom sikeréhez.

Ugyanebben az évben New York államban elbukott a nők szavazati jogára vonatkozó alkotmánymódosítási előterjesztés. Ezután hat prominens feminista - köztük Jacobi - megalapította a League for Political Education nevű szervezetet. (A többiek: Eleanor Butler Sanders, Lee Wood Haggin, Catherine A. B. Abbe, Laura B. Day és Adele M. Fielde.) Céljuk:

"a nők gyakorlati érdeklődésének felkeltése a közügyek, az állampolgári intézmények és a jó kormányzás iránt, ezek széleskörű szisztematikus tanulmányozása révén."  

Amikor agydaganatot állapítottak meg nála, dokumentálta a tüneteit és a betegségről újabb publikációt jelentetett meg. 1906-ban halt meg, már nem érte meg, hogy a nők szavazati jogát New York államban törvénybe iktassák. (Ez 1915-ben történt meg.)   

Néhány munkája: 

• The Question of Rest for Women during Menstruation (1876)
• Acute Fatty Degeneration of New Born (1878)
• The Value of Life (New York, 1879)
• The Prophylaxis of Insanity (1881)
• "Studies in Endometritis" in the American Journal of Obstetrics (1885)
• Hysteria, and other Essays (1888)
• Physiological Notes on Primary Education and the Study of Language (1889)
• "Common Sense" Applied to Woman Suffrage (1894) 
• Descriptions of the Early Symptoms of the Meningeal Tumor Compressing the Cerebellum (1906)